＜命の星＞と呼ばれる青く美しい星、惑星フロス。 この星には、ある伝説があった。
惑星フロスの地の底に眠る生命エネルギー＜フロスエナジー＞を浴びた者は、強大な力を手にすることができるというのだ。 しかし、その力をめぐって醜い争いが起き、たくさんの命が奪われた。 度重なる悲劇の果てに、フロスエナジーは２人の勇者によって＜命の谷＞に封印されたのだった――。


そして、現在――
伝説を呼び覚まそうとする邪悪な魔の手が、惑星フロスに迫っていた！　
バルタン星人、キリエロイド、アパテー、ギギ、ザムシャー――５体の宇宙人軍団がフロスエナジーを狙って侵攻を開始したのだ。 迎え撃つのは、ゾフィー隊長率いる宇宙警備隊のウルトラ戦士たち！　宇宙人軍団は、今は亡きエンペラ星人が遺した暗黒の鎧、アーマード・ダークネスをコントロールして、宇宙警備隊に全面戦争を仕掛けようとしている。 今、宇宙に最大の危機が迫っていた！
戦いの中、メビウスはニコという名の少年宇宙人に出会う。 ニコはなぜかメビウスに激しい憎しみを抱き、アーマード・ダークネスの闇の力に憧れていた。 宇宙人軍団はその憎しみの感情までも利用して、ニコにアーマード・ダークネスを装着させようと目論んでいる。 このままでは彼の憎悪によって宇宙は闇に覆われてしまう。 果たして、ニコはなぜメビウスを憎んでいるのか？


ウルトラマン＜ハヤタ＞とウルトラセブン＜ダン＞は地球を再訪し、コスモス＜春野ムサシ＞とガイア＜高山我夢＞に協力を仰ぐ。
「コスモス、あの少年には君の持つ慈愛の心が必要なんだ！」
「ガイア、君に惑星フロスを救ってほしい！」
宇宙の危機を救うため、地球から２人のウルトラマンが立ち上がった！
コスモスは、メビウスと共にニコを宇宙人軍団から守りながら、彼の心を支配する闇の真相に迫っていく。コスモスとメビウス、星を越えた２人の絆はニコの心を溶かすことができるのか？
一方、ガイアはフロスエナジーの封印を解く力を持つ若き姫・ヴィオラに出会う。 ヴィオラの使命は、悪しき者から惑星フロスを守り、フロスエナジーを正しい心の持ち主に授けること。ガイアは彼女を守り抜くこと誓い、共に惑星フロスへと旅立つ。
同じ頃、宇宙で消息を絶ったリュウを探すため、コノミはＧＵＹＳスペーシーを訪れる。 そこで目にしたのは、襲撃を受け、壊滅した基地の残骸だった。 リュウの行方を追って、コノミも惑星フロスへと向かう。
しかし、彼らの前に圧倒的な強さで立ちはだかる宇宙人軍団とアーマード・ダークネス！
ニコの過去に秘められた真実とは？ フロスエナジーを封印した伝説の勇者の正体とは？
そして、コスモスの慈愛の心はニコを闇から救い出し、アーマード・ダークネスの暴走を食い止めることができるのか!?
惑星フロスを舞台に、今、宇宙の存亡をかけた戦いの火蓋が切って落とされた！